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 BGI가 NGS로 옥수수 분자육종에 박차를 가하다.

2010.11.19


옥수수(Maize)는 유전체 크기가 2,500Mb(다른 주요 작물인 쌀은 430Mb이고, 인간은 3.2Gb이다)로 크고 복잡하지만 경제적으로 중요한 작물이고 곡물을 위해 가장 많이 연구된 모델종이다. 충분한 식량공급과 생산성이 좋은 옥수수를 재배하기 위해 분자적 수준에서 품종개량을 하는 작물 분자육종이 많이 진행되고 있다.


2010년 11월 학술지 ‘nature genetics’에 중국 BGI사의 준 왕(Jun Wang)에 의해 옥수수의 유망 품종이 재해독(resequencing)되었다는 기사가 게재되었다. 옥수수 B37의 유전체(염색체는 10개)는 이미 옥수수 게놈 컨서시움 (Maize Genome Sequencing Consortium)에서 2008년에 6배(6X)로 옥수수 레퍼런스 유전체를 해독 완료하였다. 이번 프로젝트는 이 레퍼런스 유전체를 활용한 재해독(resequencing) 방식으로 이루어졌

 

BGI는 전세계적으로도 가장 많은 해독기를 보유하고 있다. 특히 차세대 염기서열 해독 기술(NGS)로 짧은 시간 안에 저비용으로 유전체 해독이 가능하다. 2009년 레퍼런스 유전체가 전혀 밝혀져 있지 않은 팬더의 유전체를 처음으로, 선도유전체(de novo) 방식으로 유전체를 완성해서 이슈가 된 적이 있다. 이러한 차세대 유전체 해독 기술과 분석 기술로 인해 옥수수와 같이 큰 유전체를 가진 작물의 유전체도 빠르게 해독할 수 있게 되었고 이번 연구에서는 차세대 해독기 솔렉사(Solexa)로 옥수수의 여섯 가지 우량 품종인 Zheng58, 5003, 478, 178, Chang7-2, Mo17의 전장 유전체를 재해독하여 우량 품종을 구분할 수 있는 유전자 다양성 마커인 단일염기 다형성(SNPs), 삽입/결실(InDels), 그리고 유전자 컨텐츠 변이의 전장 유전체 지도를 밝혔다.


글 : mkseo

편집 : thkim

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키워드 : 옥수수, 분자육종, resequencing, BGI, Solexa

출처 : http://www.nature.com/ng/journal/v42/n11/abs/ng.684.html

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